盐碱土多为极端高盐高碱的土壤环境，虽不适宜动、植物生存，但却栖息着大量的耐盐碱、甚至嗜盐碱的微生物类群。这些微生物的生命活动在改变盐碱土土壤理化性质的同时，也受其极端理化性质的影响，从而可能形成适应高盐碱环境的，与一般微生物不同的细胞结构、遗传特性和生理功能。因此，盐碱土是潜在的天然微生物资源宝库。
微生物通常分为细菌与真菌，细菌部分，上篇已经讲过了，下面来讲讲盐碱土壤真菌群落结构分布特征。
真菌类群是土壤微生物的重要组成部分，在黄河三角洲盐碱土壤真菌群落及多样性的研究中，王艳云等共检测到子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、毛霉亚门(Mucoromycotina)和球囊菌门(Glomeromycota)5个真菌门的157个真菌属。所有样品中子囊菌门的丰度最高，其次是担子菌门，且不同植被的盐碱土壤中真菌群落结构及多样性具有一定的差异性。刘德胜在黄河三角洲重度盐碱土中分离到子囊菌门、接合菌门(Zygomycota)的26株真菌，包括丛梗孢科的青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)，球腔菌科的枝孢霉属(Cladosporium)，赤壳科的镰孢霉属(Fusarium)，肉座菌科的支顶孢属(Acremonium)、木霉属(Trichoderma)，双足囊菌科的白地霉属(Ga?lactomyces)以及毛霉菌科毛霉属(Mucor)，优势菌群为曲霉属真菌。我国多样性的盐碱土类型中蕴含着有助于盐碱土改良的丰富的真菌资源。如张建峰等在长春市农安县西盐碱土样品中分离出一株绳状青霉(Penicilliumfuniculosum)P1，该菌株对于难溶性磷酸盐有较强的溶解能力，且对硝态氮有一定的利用能力，这为解决盐碱土壤硝态氮含量过高、土壤板结等问题提供了菌种资源。
外生菌根和内生菌根是一类重要的真菌类群，它们具有较强的适应性，能够与高等植物形成共生体，为植物生长提供所需的养分。因此，盐碱土中外生菌根和内生菌根真菌的研究一直是国内外学者的关注热点。针对外生菌根真菌，Ishida等以生长在松嫩平原苏打盐碱土蒙古柳为研究材料，从其根部分离到外生菌根真菌11个种，其中优势菌群为Geoporasp.1，其可能与蒙古柳互惠共生并能在一定程度上抵抗逆境。而区别于上述的外生菌根真菌，丛枝菌根(Arbuscularmycorrhiza，AM)是一种能够与大多数陆地植物形成共生体的、最典型的内生菌根。AM真菌与宿主植物的共生对植物在盐碱环境中的生存起到了非常重要的作用。因此，盐碱土壤AM真菌的研究受到了很多研究者的关注。许多研究均表明，盐碱土中具有丰富的AM真菌资源。张义飞等［33］从松嫩平原西部盐碱土植被羊草的根系中分离到4个属11个种的AM真菌。唐明等在内蒙古盐碱土13种植被的根系上分离到AM真菌3个属26个种，其中22个种为球囊霉属(Glomus)，3个种为无梗囊霉属(Acaulospora)，1种为原囊霉属(Archaeospora)，优势种是地球囊霉(Glomusgeosporum)和地表球囊霉(Glomusversiforme)。这些AM真菌菌株可以提高宿主植物的耐盐碱能力、增强植物的光合作用，促进宿主植物在高盐环境中对养分的吸收利用。同时，其群落结构多样性以及对植物根系的侵染能力会受到土壤盐碱度等生态因子的影响。这说明真菌广泛分布于盐碱土壤以及生长在植被根系土壤上，群落结构多样性和丰度高，不同类型盐碱土及植被下土壤真菌的群落结构组成具有差异性，均存在各自的优势菌群。
由此可见，我国不同地域盐碱土壤所具有的多样的环境条件，如地理位置和气候条件等，很可能是影响土壤真菌群落的分布特征及其群落结构多样性的主要驱动因素，从而使我国盐碱土孕育着极为丰富的真菌资源。这些适应盐碱环境的土壤真菌是潜在的，有助于盐碱土养分改良和促进盐碱土植被生长的菌株资源。