对于高通量测序的微生物样品前期一定要注意取样的及时性以及低温性，样本质量是影响实验结果的最关键因素，因此用于研究的实验样本，在采集、贮存、运输和制备的过程中尽可能地做到迅速，最大限度的缩短从样本采集到实验的时间。且在所取样本离体后条件允许应应立即投入液氮中速冻至少1小时，之后保存于-80℃冰箱或者干冰中，确保在实验操作前样品始终处于-80℃，以避免DNA/RNA的降解。下面来了解下不同样品怎么提取微生物。
不同样品的取样方法
预包装食品
①直接食用的小包装食品：尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。
②桶装或大容器包装的液体食品：取样前应摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质；装入灭菌容器的量不应超过其容量的四分之三，以便于检验前将样品摇匀；取完样品后，应用消毒的温度计插入液体内测量食品的温度，并作记录。尽可能不用水银温度计测量，以防温度计破碎后水银污染食品；如为非冷藏易腐食品，应迅速将所取样品冷却至0℃~4℃。
③桶装或大容器包装的固体食品：每份样品应用灭菌取样器从几个不同部位采取，一起放入一个灭菌容器内；注意不要使样品过度潮湿，以防食品中固有的细菌增殖。
④桶装或大容器包装的冷冻食品：对于大块冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具取样，使样品具有充分的代表性；在将样品送达实验室前，要始终保持样品处于冷冻状态。样品一旦融化，不可使其再冻，保持冷却即可。
生产过程中的取样
划分检验批次，应注意同批产品质量的均一性；如用固定在贮液桶或流水作业线上的取样龙头取样时，应事先将龙头消毒；当用自动取样器取不需要冷却的粉状或固定食品时，必须履行相应的管理办法，保证产品的代表性不被人为地破坏。
液体样品
通常情况下，液态食品较容易获得代表性样品。液态食品（如牛奶、奶昔、糖浆）一般盛放在大罐中，取样时，可连续或间歇搅拌（可使用灭菌的长柄勺搅拌），对于较小的容器，可在取样前将液体上下颠倒，使其完全混匀。较大的样品（100ml~500ml）要放在已灭菌的容器中送往实验室。实验室在取样检测之前应将液体再彻底混匀一次。
对于牛奶、葡萄酒、植物油等，常采用虹吸法（或用长形吸管）按不同深度分层取样，并混匀。如样品粘稠或含有固体悬浮物或不均匀液体应充分搅匀后，方可取样。
固体样品
依所取样品材料的不同，所使用的工具也不同。固态样品常用的取样工具有灭菌的解剖刀、勺子、软木钻、锯子和钳子等。面粉或奶粉等易于混匀的食品，其成品质量均匀、稳定，可以抽取小样品（如100g）检测。但散装样品必须从多个点取大样，且每个样品都要单独处理，在检测前要彻底混匀，并从中取一份样品进行检测。
肉类、鱼类或类似的食品既要在表皮取样又要在深层取样。深层取样时要小心不要被表面污染。有些食品，如鲜肉或熟肉可用灭菌的解剖刀和钳子取样；冷冻食品可在未解冻的状态下可用锯子、木钻或电钻（一般斜角钻入）等获取深层样品；全蛋粉等粉末状样品取样时，可用灭菌的取样器斜角插入箱底，样品填满取样器后提出箱外，再用灭菌小勺从上、中、下部位取样。
表面取样
通过惰性载体可以将表面样品上的微生物转移到合适的培养基中进行微生物的检验，这种惰性载体既不能引起微生物死亡，也不应使其增殖。这样的载体包括清水、拭子、胶带等。取样后，要使微生物长期保存在载体上，既不死亡又不增殖十分困难，所以应尽早的将微生物转接到适当的培养基中。转移前耽误的时间越长，品质评价的可靠性就越差。
厌氧微生物检验用样品的采取
取样检测厌氧微生物时，很重要的一点是食品样品中不能含有游离氧。例如在肉的深层取少量样品后，要避免使之暴露在空气当中。如只能抽取小样品，或需使用棉拭子取样时，就要用一种合适的转接培养基（如Stuart运送培养基）来降低氧的浓度。例如，如使用藻酸盐羊毛拭子取样后，就不能再放入原来的试管，而应放在盛有Stuart运送培养基的瓶中。棉拭子使用前要先用强化的梭菌培养基浸湿。
水样的采取
采集水样应注意无菌操作，以防止杂菌混入。取水样时，最好选用带有防尘磨口瓶塞的广口瓶。对于用氯气处理过的水，取样前在每500ml的水样中加入2ml的1.5%的硫代硫酸钠溶液。
在取自来水时，水龙头嘴的里外都应擦干净。再用酒精灯灼烧水龙头灭菌，然后把水龙头完全打开，放水5min~10min后再将水龙头关小，采集水样。这样的取样方法能确保供水系统的细菌学分析的质量，但是如果检测的目的是用于追踪微生物的污染源，建议还应在龙头灭菌之前取水样或在龙头的里边和外边用棉拭子涂抹取样，以检测龙头自身污染的可能性。
从水库、池塘、井、河流等处取水样时，用无菌的器械或工具拿取瓶子和打开瓶塞。应先将无菌取样器浸入水下1cm~15cm处（井水则在水下50cm深处采样），然后掀起瓶塞采集水样。流动水区应分别采取靠岸边及水流中心的水。如果不具备适当的取样仪器或临时取样工具，只能用手操作，但取样时应特别小心，防止用手接触水样或取样瓶内部。
空气样品的采取
空气的取样方法，有直接沉降法和过滤法。
在检验空气中细菌含量的各种沉降法中，平皿法是最早的方法之一，到目前为止，这种方法在判断空气中浮游微生物分次自沉现象方面仍具有一定的意义。平皿法就是将琼脂平板或血液琼脂平板放在空气中暴露一定时间，然后37℃培养48h，计算所生长的菌落数。
几种较常见的表面取样技术：
①拭子法
进行定量检测时，必须先用灭菌取样框（塑料或不锈钢等）确定被测试的区域。
棉花-羊毛拭子：用干燥的棉花-羊毛缠在长4cm，直径1cm~1.5cm的木棒或不锈钢丝上做成棉花-羊毛拭子。然后将拭子放在试管中，盖上盖子后灭菌。取样时先将拭子在稀释液中浸湿，然后在待测样品的表面缓慢旋转拭子平行用力涂抹两次。涂抹的过程中应保证拭子在取样框内。取样后拭子重新放回装有10ml取样溶液的试管中。
藻酸盐棉拭子：由海藻酸钙羊毛制成。将海造酸盐羊毛缠在直径为1.5mm的木棒上做成长1cm~1.5cm、直径7mm的拭子头，灭菌后放入试管中。取样步骤同①。取样后放入装有10ml的1+4Ringer氏溶液（含1%偏磷酸六纳）的试管中。
②淋洗法
用10倍于样品的灭菌稀释液（质量比）对样品进行淋洗，得到1：10的样品原液，这种取样方法可适用于全禽、干果、蔬菜等食品。报告结果时，应注明该结果仅代表样品表面的细菌总数。
③胶带法
这种取样方法要用到不干胶带或不干胶标签。不干胶标签的优点是能把取样的详细情况写在标签的背面，取样后贴在粘贴架上。不干胶胶带取样后同样需转接到一个无菌粘贴架上。这种方法可用于检测食品表面和仪器、设备表面的微生物。胶带和标签制成后，可用易挥发溶液进行短时间的灭菌。必须确保灭菌后的胶带无菌或残留的微生物失去活性。
胶带或标签的一端要向内弯回大约1cm左右以方便使用。取样时，把胶带从粘贴架上取下压在待测物质表面，迅速取样后，重新粘回到模板上。送到实验室后，将胶带（或标签）从粘贴架上取下，压在所需培养基表面。
④琼脂肠法
琼脂肠有无菌圆塑料袋（或塑料筒）和加入其中的无菌琼脂培养基制成。可在实验室制作，一些国家也有成品出售。使用时，在琼脂的末端无菌切开，将暴露的琼脂面压在样品表面，用无菌解剖刀切下一薄片，放在培养皿上培养。
⑤影印盘
影印盘是一种无菌的塑料盘，也可称为“触盘”，可以从许多生产厂商处买到。制作时按要求在容器中央填满足够的琼脂培养基，并形成凸状面，需要时，将琼脂表面压在待测物表面。取样后再放入适当的温度培养。
⑥触片法
用一个无菌玻片触压食品表面，带回实验室。固定染色（如革兰氏法）后在显微镜下检测，也可以将取样的玻片压在倒有培养基的平板上，将细菌转接到琼脂表面，（用无菌镊子）移去玻片后，培养平板。这种方法不能用于菌体计数，但能快速判断优势菌落的类型，这对生肉、禽肉和软奶酪等食品更为适用。
⑦表层切片法
用灭菌解剖刀或镊子切取一薄层表层样品。这种方法最适用于家禽皮肤的取样。将样品放入装有适当稀释液和适当稀释度的容器中，均质后得到初始浓度为10-1的样品原液。