2实验结果
2.1噬藻斑的观察
用双层平板法培养噬藻体S-H35,置于25℃,1000 lux的恒温光照培养箱中培养一周左右,即可观察到直径1 mm的半透明的噬藻斑,10天左右,噬藻斑的直径可以扩大到1~2 cm。
2.2透射电镜观察
S-H35尾部很短几乎不可见,因此推测属于短尾病毒科,头部直径约为40 nm(图1)。
2.3 S-H35的一步生长曲线
如图2所示,噬藻体S-H35的潜伏期约为4 h,爆发期约为8 h,裂解量为125。
2.4 S-H35的宿主专一性鉴定
侵染结果显示,S-H35除了能侵染聚球藻WH8102外,还能侵染聚球藻WH7803、LTW Red1和MW01,因此推测,噬藻体S-H35不具有种属特异性。
2.5 S-H35的基因组分析
噬藻体S-H35的基因组长度为175321 bp,共含有228个ORF,基因的平均长度为649 bp,基因总长度占基因组总长度的比为84.4%,GC含量为41.3%,tRNA个数为8个,rRNA为1个。
对其ORF进行预测,统计结果为228个,其中有21个(9.2%)是检索不到假定功能(putative function)的,在所有的ORF中,有74个(32.4%)能够检索到功能注释的结果,有133(58.3%)个ORF未能推测其功能。
S-H35的基因组中,基因的功能,大概可分为以下几类:噬藻体自身结构组成;DNA复制与修复、包装;末端酶;以及对宿主藻的生理活动起辅助作用的基因。
为了研究噬藻体S-H35的系统发生分析,利用蛋白软件和系统分析软件Mega6.06进行系统发生分析。由于S-H35属于短尾噬藻体,故选用短尾噬藻体的高度保守序列—DNA聚合酶基因所编码的蛋白序列与选定的噬藻体的序列用邻接法构建系统进化树。从图3中可以看出,S-H35与Synechococcus phage ACG-2014c及Synechococcus phage syn9在进化上的关系更近。
3討论
噬藻体的基因组比对分析结果显示,噬藻体S-H35跟其它噬藻体并未有显著相似性。这证明S-H35是从海水中分离得到的新噬藻体,S-H35的基因组序列信息对于以后噬藻体的分子生物学研究能够提供有用的基础信息。一步生长曲线显示,噬藻体的S-H35的裂解期较长,裂解量较大。
S-H35基因组中的基因大部分功能未知,但是从同源比对中可以发现,有3个(ORF88、ORF162、ORF181)与转录有关;2个(ORF23、ORF162)很可能与RNA的组装有关;8个(ORF24、ORF39、ORF87、ORF129、ORF144、ORF148、ORF171、ORF185)可能与DNA复制和修复有关,ORF24编码DNA解旋酶,ORF39编码DNA甲基化酶,ORF85编码单链DNA结合蛋白;10个(ORF6、ORF52、ORF81、ORF133、ORF173、ORF191、ORF220、ORF221、ORF222、ORF228)与病毒包膜及结构有关;ORF228与病毒侵染循环有关;ORF148编码的是短尾科病毒的保守序列DNA聚合酶,能够保证噬藻体的基因组准确、迅速的复制以及产生更多的裂解后代。ORF143编码MazG基因,具有高度的保守序列;除去与自身繁殖功能有关的ORF,S-H35基因组中也存在对宿主细胞有着重要功能的基因,如ORF107可以编码光系ⅡD1蛋白,可以在宿主光系统受到强光损伤时,维持宿主的正常光合作用,满足其对能量的需要。电泳检测结果表明其为dsDNA,尾部很短几乎不可见,因此推测属于短尾病毒科。
相关新闻推荐
2、白星花金龟幼虫新鲜虫粪微生物菌群分离与鉴定——结果与分析、结论