细菌是地球上最早的“居民”，是构成大千世界的重要成员。大约在35~40亿年前，地球上就已经有了它们的踪迹，而人类的出现也不过几百万年。地球上的空气、水、土壤以及各种生物体内都布满了细菌，细菌几乎无处不在。
细菌从何而来？
细菌最早是荷兰人安东尼·列文虎克在一个从未刷过牙的老人的牙垢上发现的，但那时的人们认为细菌是自然产生的。后来，法国人巴斯德通过鹅颈烧瓶實验指出，细菌是由原来已存在的细菌产生的，不是自然产生的，并发明了“巴氏消毒法”，巴斯德因此被后人誉为“微生物之父”。细菌的个体非常小，目前已知最小的细菌只有0.2微米，因此只有借助显微镜把细菌放大很多倍，我们才能看见它们。最大的细菌是纳米比亚嗜硫珠菌，有0.2～0.6毫米，肉眼可以直接看见。细菌是所有生物中数量最多的，无处不在，是影响我们身体健康的一大隐患。
细菌在自然界中的作用
（1）作为分解者参与物质循环。大多数的细菌是生态系统中的分解者。细菌能够把动植物遗体分解成二氧化碳、水和无机盐，这些物质又被植物吸收和利用，进而制造有机物。
（2）引起动植物和人患病。细菌中的一些种类营寄生生活，它们能够从活的动植物体和人体内吸收营养物质，导致动植物和人患不同的疾病。如营寄生生活的细菌可以使人患破伤风、扁桃体炎等多种疾病。
（3）与动植物共生。细菌与动植物共生的现象很普遍，如羊、牛等食草性动物的胃肠内生活着一些细菌，可以帮助动物分解草料中的纤维素，而动物又可以为这些细菌提供生存的场所和食物。人体内生活着大量的有益菌。例如，大肠杆菌生活在肠道内，可以为人体制造维生素。如果人体缺乏某种细菌，或者某种细菌太多，就会造成菌群紊乱，人就会生病。
不管是细胞数量，还是拥有的基因数量，寄生在人体表面和内部的细菌都远超人体本身。现在，科学家正在思考：掌控人体的，到底是我们还是那些共生细菌？
生物学家曾认为，人体是一座生理之岛，完全可以自行调控身体内部的运转。我们的身体能分泌消化酶消化食物，合成营养物质维护身体组织和器官；可以感受到自身发出的信号，比如饥与饱；免疫细胞能识别危险的微生物（病原体），向它们发起进攻，同时避免伤害到自身组织。
但在过去十多年中，研究人员发现，人体并不是一座自给自足的世外小岛。它更像一个复杂的生态系统，一个庞大的社会。在我们的身体内，住着数以万亿计的细菌和其他微生物。它们寄生在我们的皮肤、生殖器、口腔，特别是肠道等部位。实际上，人体细胞并不是人体内数量最多的细胞，共生细菌的数量是人体细胞的10倍。由微生物细胞和它们所包含的基因组成的细菌群落，不仅不会危害我们的健康，反而对人体有益，能帮助身体进行消化、生长和防御。
小小的细菌居然有如此大的影响力。生物学家已经对人体内数量最多的一些细菌，进行了深入研究。最近，他们又开始研究其他细菌。这些研究，有助于我们更加了解自己身体的功能。也让我们更清楚，为什么有些疾病发病率越来越高，比如肥胖症和自身免疫性疾病。
提到身体内的微生物，人们通常会想到病菌。事实上，研究人员也在很长一段时间，只关注那些有害病菌，忽视了那些有益的细菌。美国加州理工学院的生物学家萨基斯·K·马兹曼尼安认为，这源于我们的一些错误认识。“孤芳自赏迷住了我们的眼睛，人类自以为拥有所有保持健康所需的功能，这些有益细菌虽然不属于人体，却相伴我们一生，它们是我们身体内不可或缺的一部分。”
人从很小的时候开始，体内就有一个微生物群落，当然，这些细菌并不是与生俱来的。每个人都是在与周围环境接触的过程中，渐渐形成自己的共生细菌群落的。一般说来，子宫内没有细菌，所以生命之初的胎儿是真正无菌的个体。但是，当新生儿通过产道时，母亲体内的共生细菌，就会转移到婴儿身上，并开始繁殖。随着与父母、祖父母、兄弟姐妹、朋友，还有床单、毯子、宠物等的接触，婴儿体内的细菌会变得越来越多，到婴幼儿晚期，我们体内已经形成了地球上最复杂的微生物群落。