2结果
2.1测序数据整体分析
通过对14只马里努阿犬粪便菌群的16SrRNA基因进行DNA高通量测序，14份粪便样本得到高质量序列数873057条(49011~120888)，序列平均长度为452.24bp。为了使所有样品在同一测序深度进行比较分析，从每个基因组DNA样品中随机抽取49000个序列进行后续分析。2.2安静型犬与活泼型犬粪便细菌群落的多样性比较不同神经类型犬粪便菌群的Alpha多样性分析见图1a、1b。Chao1指数和Shannon指数在安静型与活泼型犬粪便菌群中分别为197.70、230.81和2.33、2.80。就菌群丰富度而言，活泼型犬粪便菌群中Chao1指数显著高于安静型犬(P小于0.05)。①A，安静型犬组;H，活泼型犬组。下图同。②a，Chao1指数;b，Shannon指数;c，PCoA分析;d，层级聚类分析①A，Quietdoggroup;H，Livelydoggroup.Thesameasbelow.②a，Chao1index;b，Shannonindex;c，PCoAanalysis;d，Hierarchicalclusteringanalysis犬粪便菌群的Beta多样性分析结果(图1c、1d)显示，安静型与活泼型犬粪便菌群结构之间存在明显分离(R2=0.59，P小于0.01)，PCoA1轴和PCoA2轴分别诠释了33.34%和27.09%的差异。安静型犬(其中1个样品除外)和活泼型犬粪便菌群在聚类树分支中分区明显，且两组间处于不同的聚类树分支中。
图1安静型犬和活泼型犬粪便菌群的多样性分析
2.3安静型犬与活泼型犬粪便细菌群落的物种组成
在所有犬粪便样品中共检测出涵盖18个门和158个属的微生物群落。在安静型与活泼型犬粪便中均检测出5个相对丰度大于1%的细菌门(表2)，其中Firmicutes的相对丰度在两种犬粪便菌落中最高。此外，安静型犬粪便菌群中梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度极显著高于活泼型犬(P小于0.01)，而Bacteroidetes的相对丰度显著低于活泼型犬(P小于0.05)。在属水平上，安静型犬和活泼型犬粪便菌群中鉴定出8个相对丰度大于5%的菌属(表2)。其中，安静型犬粪便中的梭杆菌属(Fusobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)和未分类紫单胞菌属(unclassified_Porphyromonadaceae)的相对丰度均显著高于活泼型犬(P小于0.05)，而粪便菌群中的异杆菌属(Allobaculum)、经黏液真杆菌属(Blautia)、梭菌属-ⅪⅤa(Clostridium-ⅪⅤa)、梭菌属-Ⅺ(Clostridium-Ⅺ)和普雷沃菌属(Prevotella)的相对丰度显著低于活泼型犬(P小于0.05)。
表2安静型与活泼型犬粪便菌群在门水平和属水平的相对丰度
2.4安静型犬与活泼型犬粪便菌群特异性差异的比较
安静型犬与活泼型犬粪便菌群在各分类水平的分布中存在差异。由图2可知，Fusobacteria(包括其分支Fusobacterium、Fusobacteriaceae、Fusobacteriales、Fusobacteriia)以及Proteobacteria等特定菌属在安静型犬粪便中显著富集(P小于0.05)，而Firmicutes(涵盖了Prevotella、Prevotellaceae、Faecalibacterium、unclassified_Ruminococcaceae、Ruminococcaceae、Clostridiales、Clostridia)在活泼型犬粪便中显著富集(P小于0.05)。
a，LEfSe进化分支分析;b，LEfSe分布柱状分析
图2安静型犬与活泼型犬粪便微生物菌群分布差异
2.5安静型与活泼型犬粪便菌群之间的相关性
两种犬粪便菌群之间的相关性见图3，图中不同颜色的椭圆代表不同细菌菌群之间的相关性强度，颜色越深表示相关性越高。由图3可知，在门水平上，Proteobacteria和Bacteroidetes存在显著的负相关关系(P小于0.05)，相关系数达0.53。在属水平上，共有36个菌属之间存在190种显著的相关关系(P小于0.05)，其中Escherichia-Shigella与Lactobacillus等相邻菌属之间呈现出了较强的正相关性，而Parasutterella与unclassified_Fusobacteriaceae等不相邻菌属之间则呈现出显著的负相关关系(P小于0.05)。
图3门(a)和属(b)水平粪便菌群之间的相关性
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