1.4噬菌体生物学特性研究
1.4.1噬菌体裂解谱测定
将表2所述待测菌株提前复苏并在摇床中37℃、200 r/min孵育6h至生长对数期，将100μL对应菌株的菌液与高压冷却至40℃左右的900μL LB半固体培养基混合均匀后倒入LB固体培养基上，静置等待其晾干。用移液器枪头吸取5μL噬菌体液滴加在培养基表面，重复三次，并在同一平板上滴加等量生理盐水作为空白对照，待培养基表面干燥后将培养基倒置放入培养箱培养过夜，次日取出观察有无噬菌斑。
表2噬菌体宿主谱
1.4.2最佳感染复数测定
提前过夜复苏宿主菌鸡白痢沙门菌C79-13至对数期，涂布平板计数菌落数量后调整至1.0×107 CFU/mL，按照感染复数(MOI)(每毫升噬菌体数量/每毫升宿主菌数量)为10、1、0.1、0.01、0.001在离心管中分别加入100μL噬菌体上清液和100μL菌液，并在各离心管中加入LB液体培养基至2 mL使各个体系的总体积保持相同，振荡混匀后置于37℃、200 r/min摇床培养6 h，后取出10 000×g离心15 min，取上清液，通过双层平板法测定噬菌体效价，计算得最高噬菌体效价对应的MOI即为本株噬菌体对应的最佳MOI。
1.4.3一步生长曲线测定
取5 mL 1.0×107 CFU/mL宿主菌菌液于15 mL离心管中，根据1.4.2中测得的最佳MOI比例加入相应体积的噬菌体液，并加入灭菌LB液体培养基保持反应体系为10 mL，振荡混匀后在37℃、200 r/min摇床孵育2 h。在2 h培养过程中，每间隔10 min取出0.5 mL培养物，10 000×g离心10 min后弃去沉淀并将上清液过0.22μm滤器，用双层平板法测定、用GraphPad Prism8.0软件绘制一步生长曲线，同时根据数据计算出噬菌体的潜伏期、爆发期和裂解量。裂解量为爆发末期噬菌体效价与感染初期宿主菌浓度的比值。
1.4.4噬菌体紫外线敏感性测定
取10 mL噬菌体液于空培养皿中，在距离紫外线30 cm处照射，分别间隔5 min从中取样1 mL，并用双层琼脂平板法测定噬菌体效价，重复三次。
1.4.5噬菌体酸碱度耐受程度测定
配制pH范围为2.0~13.0的LB液体培养基，并在各管中加入效价为1.0×108 PFU/mL的噬菌体液，用移液器枪头吹打混匀，在37℃静置1 h后取出用双层平板法测定噬菌体效价，重复三次。
1.4.6噬菌体温度敏感性测定
各取500μL噬菌体液于1.5 mL离心管中，准备同样的7管，置于20℃、30℃、40℃、50℃、60℃、70℃、80℃水浴，各管分别在30 min、60 min、90 min后取样，每次取100μL用双层琼脂平板法测定样本中噬菌体效价，重复三次。
1.5噬菌体全基因组测序及生物信息学分析
1.5.1噬菌体全基因组测序
用天根病毒基因组DNA/RNA提取试剂盒提取沙门菌噬菌体PC79-13的基因组，按照试剂盒指示操作，提取后样品委托苏州金唯智生物公司进行二代Illumina测序。获得原始数据后，先用Fastp对数据进行自动化过滤和质控，将数据预处理，最后将质控数据用Spades进行组装，得到完整序列。
1.5.2噬菌体生物信息学分析
基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库比对与本实验分离得到的沙门菌噬菌体基因组相似的其他噬菌体基因组，并用CGView软件绘制噬菌体全基因组圈图。通过毒力因子数据库和抗生素耐药综合数据库筛选假定的毒力因子和抗生素耐药性基因等。基于包括本实验分离出的噬菌体在内的20个噬菌体的主要衣壳蛋白构建系统发育进化树，用Mega X软件对噬菌体进行进化分析。用OAT软件进行基因组热图绘制，对分离纯化出的噬菌体提取基因组并对基因组测序，经BLAST序列比对分析噬菌体基因组已知的基因功能蛋白，确定噬菌体基因属性，从基因水平上解析噬菌体。
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